Ma non tutta la Lunigiana era nelle mani dei Malaspina, Pontremoli ( la cui prima memoria specifica appare nell'itinerario del vescovo Sigerico di Canterbury del 990), il 1° febbraio 1167 era stata concessa dall'imperatore Enrico IV nel 1077 a Ugo e Folco d'Este, ma si era costituita in libero comune a partire dal 1° febbraio 1167. La sua autonomia durerà sino alla fine del XIII secolo. Un diploma di Federico I del 1164 avrebbe, ma non è certo, confermato ai Malaspina i privilegi su Zeri ("Cerri cum tota curia"), ma Pontremoli ben presto se ne era impadronita.In questo periodo la sovranità del comune pontremolese arriverà a comprendere tutta l'alta val di Magra sino all'Appennino. Ma il desiderio di conquista di Pontremoli da parte di molte potenze, perché la città controllava la strada che metteva in comunicazione con l'Emilia, e la rivalità interne tra gli abitanti, divisi in Guelfi e Ghibellini, portarono la città a perdere la propria libertà. Prima fu infeudata alla famiglia genovese dei Fieschi, poi giunse il dominio del lucchese Castruccio Castracani degli Antelminelli. In seguito i Rossi, gli Scaligeri, gli Sforza, i Visconti si successero più volte nel controllo della città che nel tempo vide transitare papi , imperatori e personaggi importanti: Federico Barbarossa, Matilde di Canossa, Carlo VIII, Carlo V.